犀角(Diceros Horn) 2006 05 06

Pajek

Pajek を試してみました。 グラフをレイアウトするための方法がいろいろ実装されているのはよいです。 日本ではタンパク質のネットワークの研究をされている方や社会ネットワークを 研究されている方が使っているみたいです。

扱っているデータは拡張子が NET の

*Vertices      9
     1 "1"                                      0.3034    0.7561
     2 "2"                                      0.4565    0.6039
     3 "3"                                      0.4887    0.8188
     4 "4"                                      0.5687    0.4184
     5 "5"                                      0.3574    0.4180
     6 "6"                                      0.7347    0.2678
     7 "7"                                      0.9589    0.3105
     8 "8"                                      0.8833    0.1269
     9 "9"                                      0.7034    0.0411
*Arcs
*Edges
      1      2       1
      1      3       1
      2      3       1
      2      4       1
      2      5       1
      4      5       1
      4      6       1
      6      7       1
      6      8       1
      6      9       1
      7      8       1
      8      9       1

• 頂点をマウスでドラッグして位置変更
• 頂点、辺の大きさ、色、ラベルなどの表示のカスタマイズ
• Random / Erdos-Renyi / Scale-Free Network などの生成
• Path / Flow の計算
• Komada-Kawai Algorythm でのレイアウト
• Fruchterman Reingold でのレイアウト
• グラフの回転アニメーション
• PS / VRML / SVG / BMP 形式の Export

扱っているグラフの履歴を残してくれているのはとてもよいです。 ３Ｄレイアウトして回転させると楽しいです。

参考文献

• ネットワーク可視化の技法--Pajekの使い方（赤門マネジメントレビュー）
• Pajek入門 −巨大ネットワーク分析用フリーソフトウェア−
• pajekの使い方

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ネットワークシミュレータいろいろ

私は

• ライブラリとして提供されている
• 可視化のための機能が豊富
• Java言語で実装されている

という理由で、JUNG を使っています。 自分でシミュレーションのロジック（乱数や簡単な力学系を使って） を組みたい時は、可視化ツールではなくて、ライブラリの方が都合がいいんです。
もちろん可視化やシミュレータとしてなら、 単体のアプリケーションもいろいろあるみたいです。

• Cytoscape
• Pajek

時間ができたらそれぞれレビューもして見たいな。

INSNA (International Network for Social Network Analysis) という団体があって、そこで Computer Programs for Social Network Analysis をまとめています。

posted at 11:33 | category: /ComplexNetwork | 固定リンク(ネットワークシミュレータいろいろ )